Capacidad de anclaje de los sitios de unión de los factores de transcripción en VIH-1 subtipo b circulante en Panamá

Ortega Batista de Martínez, Ana Cristina (2022) Capacidad de anclaje de los sitios de unión de los factores de transcripción en VIH-1 subtipo b circulante en Panamá. Other thesis, Universidad de Panamá.

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Abstract

El VIH es un retrovirus que lleva cuatro décadas de pandemia a nivel mundial. Su estructura flanqueada por las Repeticiones de Terminal Larga (RTL) poseen elementos genéticos que contienen importantes sitios de unión para los factores de transcripción (SFT). Estas regiones están encargadas de regular, modular e iniciar la transcripción por medio de factores de transcripción (FT). El objetivo de este estudio es determinar si la capacidad de anclaje de los FT a los sitios de unión depende de la diversidad genética en esa región. Para ello, se seleccionaron dos conjuntos de bases de datos del subtipo B pertenecientes a secuencias panameñas y de la base de datos super filtrada del Laboratorio de los Álamos. Luego, se realizó un análisis filogenético con métodos de Neighboor Joining y Bootstrap para subtipificar las secuencias de la base de datos de Panamá a través de MEGA7. Con un total de 55 secuencias por base de datos se identificaron los sitios de unión de la RTL 3’ de los 5 factores de transcripción, con el programa bioinformático LASAGNA-Search. Una vez identificados los SFT, se determinó la diversidad genética de las regiones RTL 3’ con un análisis de polimorfismo nucleotídico característico (PNC) en VESPA, y con la herramienta HIGHLIGHTER del Laboratorio de los Álamos se identificaron las transversiones y transiciones en los PNC. Luego, se predijo la capacidad de anclaje de los FT con un análisis de enriquecimiento en el programa CiiiDER. Se analizaron los resultados de las transversiones y transiciones en los PNC de los SFT con respecto al valor y significancia de la capacidad de anclaje de los FT estudiados (GATA3, SP1, USF1, NFKB1, NFATC2). Se demostró una correlación entre la cantidad de PNC y la capacidad de anclaje del FT al sitio de unión en la secuencia del VIH-1. Se comprobó que la presencia de polimorfismos en los SFT afecta la capacidad de anclaje de los FT.

Item Type:	Thesis (Other)
Subjects:	Q Science > Q Science (General) Q Science > QH Natural history > QH426 Genetics Q Science > QR Microbiology Q Science > QR Microbiology > QR355 Virology
Depositing User:	uprid SIBIUP
Date Deposited:	28 Jun 2023 14:02
Last Modified:	28 Jun 2023 14:02
URI:	http://up-rid.up.ac.pa/id/eprint/6388

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